Este es un artículo de Wikia en el cual hablan sobre la verdadera cronología de Zelda, y allí mencionan que siguen la versión de Hyrule Historia, así que los que aún no tienen el libro les invito a leer esto, pero les recomiendo que lean las partes de los juegos que ya han jugado con aterioridad para que no vayan a spoilearse(por así decirlo).
Aquí esta la foto principal donde demuestra como va organizada la cronología:
Aquí el artículo completo: http://es.zelda.wikia.com/wiki/Cronolog%C3%ADa